El acuerdo fue suscripto por la secretaria de Ambiente, Dina Migani, y el Presidente de la Fundación, Nelson Vargas y el establecimiento de una alianza para el fortalecimiento institucional entre ambas partes será uno de los objetivos destacados.

A través de este eje se buscará promover la cooperación, programación y desarrollo de actividades conjuntas de asistencia administrativa, técnica, gestión, educación ambiental y la protección y conservación del ambiente y la biodiversidad de Río Negro, así como del desarrollo y transferencia de tecnología y formación de recursos humanos en el área de Ciencias Naturales de ambas instituciones.

El convenio también establece poder llevar adelante trabajos de investigación, campañas de relevamiento y/o rescate de patrimonio natural, exposiciones, congresos, seminarios, talleres, cursos, conferencias, u otra actividad tendientes a asegurar el estudio la conservación y la difusión del patrimonio natural, como así también el desarrollo de proyectos para conseguir financiamiento de las actividades.

Para ello se acordó disponer por parte de la Secretaría del uso de las instalaciones del Museo para el desarrollo de los proyectos conjuntos.

A su vez,  en el convenio se pactó que las colecciones que pudieran ser generadas como resultado de las campañas de rescates de bienes naturales o  de investigaciones quedarán en tutela de la Fundación y depositadas en la colección del Museo Patagónico de Ciencias Naturales.

Para llevar adelante estas actividades se conformará una Comisión mixta integrada por un representante de cada organismo.

La Fundación Patagónica de Ciencias Naturales nace en el año 2002 por iniciativa de grupo personas que contaba con colecciones y querían canalizar lo que particularmente poseían. En el año 2006, el gobierno de la provincia de Río Negro decide ceder en comodato el edificio del ex Banco Provincia, para el montaje del Museo. 
Posteriormente, dispone a través de la Ley Nº 4.077 la creación del Museo como institución de carácter provincial, haciendo por fin el sueño realidad y se inauguro oficialmente en los primeros meses del 2008.

La creación del museo sirvió para dar respaldo institucional a actividades de estudio, investigación, divulgación, concientización y de conservacionismo del patrimonio natural y cultural de la región.

Así comenzó teniendo como capital sólo las donaciones de los primeros miembros de la Fundación, pero progresivamente se fue incrementando con los resultados de exitosas campañas paleontológicas y los fósiles que producían.

El objetivo desde la Fundación es consolidar al museo como un centro dinámico en el que se pueda conocer, estudiar, investigar y porque no pasar un tiempo en sus instalaciones. Para ello cuenta con una sala de conferencias, un bar, laboratorios y una biblioteca próxima a inaugurarse.